Ђурађу Бранковићу је обећање да ће дати руку своје кћерке било изнуђено и он је одуговлачио да га испуни, прије свега због Марине младости. Овај брак био је прилика да се са османлијама закључни нови споразум, а дио Мариног мираза био је велики дио Србије и огромне количине сребра и злата.

У том тренутку, у турском харему се налазило око три стотине жена, а Мара је стигла као друга српска принцеза која се удала за неког отоманског султана, послије Оливере Лазаревић 45 година раније. Султан је био 15 година старији од своје нове младе и већ је имао више жена и конкубина, а наводно је Јерина била та која је наговарала деспота да пошаљу ћерку (поћерку) у Цариград, јер је био у питању, иако тежак, државнички потез.

Вјенчање се догодило у тадашњој турској престоници Једрену, уз велико славље по исламским обичајима. У неким турским изворима стоји да већег вјенчања ипак није било, јер је султан тиме желио да омаловажи Бранковиће. У сваком случају, послије свадбе, Ђурађев син и насљедник Гргур је послат кући с даровима, док је млађи син Стефан задржан као талац, како би био још један залог послушности српског деспота.

Средњовјековни извори различито гледају на однос султана Мурата II и Маре Бранковић, од тога да није хтио ни да је узме за жену, до тога да ју је изузетно поштовао због љепоте, образованости и брзог учења правила за свој нови живот. Будући да није била само још једна робиња, већ српска принцеза, она је имала повлашћен статус у харему, остала је православка и бринула се о другим хришћанима у околини. Мара је остала у контакту са заробљеним братом Стефаном, који је живио у некој врсти училишта, са другим заточеницима из балканских племићких кућа.

Након смрти угарског краља Жигмунда, Мурат је почео да врши притисак на Мару да утиче на свог оца да прекине односе с Угарима. Иако је деспот Ђурађ понављао да је он неутралан, ипак није допустио турској војсци да прође кроз Србију у походу на Угарску, нити им се придружио са својим људима. Услиједила је опсада Смедерева, Ђурађев бијег у Угарску и заточеништво његовог сина Гргура, који се у Једрену придружио Мари и Стефану.

Док је деспот боравио у Бару, његови синови су се дописивали са њим, а када је ухваћена њихова преписка, султан Мурат је наредио да се обојица ослијепе. Мара је у том тренутку већ имала знатан утицај на отоманског владара, али није успјела да спријечи судбину своје браће, јер је наводно Мурат II наређење издао тајно.

Није познато да ли је Мари, као и Оливери Хребељановић, урађен хируршки захват који је требало да спријечи трудноћу, али је познато да Мурат II и она нису имали дјеце.

Ипак, она је била брижна мајчинска фигура Муратовом насљеднику Мехмеду II Освајачу, чија је мајка била робиња Хума Хатун, за коју се у појединим изворима наводи да би, такође, могла бити српског поријекла. Двије жене су неко вријеме провеле заједно и зближиле се, а Мара је са посебним симпатијама гледала на њеног сина.

Мара је могла бити и нека врста дадиље или учитељице принцу Мехмеду, јер је њено образовање било далеко веће него образовање његове мајке робиње. Зато не чуди писање Карловачког родослова који пише да Мару “цар Мехмед љубљаше и поштоваше као рођену мајку”.

Мурат II је умро 1451, а на престо је дошао управо Мехмед II, кога ће историја упамтити као Освајача. Мара по султановој смрти одлази натраг у Србију, а Мехмед јој је додијелио област око Дубочице и Лесковца за издржавање. Након пет година умире и њен отац Ђурађ, а Мара је за кратко вријеме постала централна политичка фигура на Балкану тог времена. Међутим, са братом, деспотом Лазаром, имала је лош однос, јер је он био проугарски настројен, па се вратила код Мехмеда II и добила имање у некадашњем Јежеву (данас Дафни) у близини Сера.

Одабрала је ово мјесто јер је у близини Света гора, па је могла да угости побожне хришћанске путнике и помогне им. До краја живота помагала је брату Гргуру, ујаку Томи Кантакузину и деспотици Јелени, жени брата Лазара, који је умро 1458.

Посебно је занимљива њена веза са војводом Владом Цепешом III, који је познатији под надимком Дракула. Наиме, она је убиједила Дракулу да преузме ктиторство над манастиром Хиландар, захваљујући чему је овај стари српски храм имао значајне повластице.

Колико је уважавања имала од Мехмеда Освајача, Мара је добила и од његовог насљедника Бајазита, а свој утицај је користила да очува хришћанство у тешкој ситуацији на Балкану. Такође, познато је да је држала радионицу у којој су радили многи писари и умјетници.