Тог 15. јуна 1999. године, нешто прије 11 сати, отац Харитон је испред епископског двора у Призрену примио своје посљедње послушање. Требало је отићи у град, по храну. Рекавши: „Нека је благословено“, кренуо је аутомобилом, без страха. У самом граду зауставила су га тројица терориста и легитимисала.

Одмах по легитимисању, терористи црних униформи и још црњих душа одвели су га његовим аутом у непознатом правцу. Ово се дешавало наочиглед њемачких војника у саставу НАТО „мировњака“. Цијели догађај видио је и један њемачки новинар, фотографисао и истог дана обавијестио епископију. Почео је голготски пут новог Христовог мученика.

На његова плећа стављен је посљедњи и најтежи крст – мучеништво за Христа. Понио га је као кротко јагње, потпуно мирно, не марећи за разноврсност и величину мука, како је раније сам говорио. Свезлобни непријатељ људскога рода, све вријеме водивши невидљиви духовни рат против њега, сада је свом силом, у лицу својих слугу, напао на ово јагње Божије. Један од раније поменутих ножева заблистао је на јунском сунцу, негдје у Призрену, и послије много задатих рана одсјекао мученику главу. Чиста и непорочна душа новог Христовог мученика истог тренутка одлетјела је у небеске породице Господу своме, кога је толико вољела и због кога је толико трпjeла. Рат је био добијен, трка завршена, вјера одржана, а побједника је на небесима чекао вијенац правде (Уп. 2. Тим. 4. 7, и радосни глас подвигоположника Господа Христа: „Добро слуго добри и вијерни, у маломе си ми био вијеран, над многим ћу те поставити; уђи у радост Господара својега“ (Мт. 25, 21).

Тијело његово зликовци су тајно закопали у мјесту Тусус код Призрена. Заједно са тијелом КФОР је закопао, као и убица, све информације о њему. Једино што је у тим тренуцима остало живо биле су црне слутње да је убијен. Отац Илија, некадашњи његов духовник у свијету, примајући вијест о његовом нестанку, небески је мирно и убиједљиво рекао: „Отац Харитон је мученик за Христа“. Вријеме је пролазило, а са њим и трачак наде да је монах Харитон још увијек у животу.

У периоду неизвесности, мученик се некима од братије и у сну јављао, говорећи да је пострадао. Господ, који прославља оне који Њега прослављају, не желећи да његов подвиг и мученички вијенац велом тајне остану покривени, благоизволио је да људима открије његов удио указавши на мјесто гдје је његово свето тијело сахрањено и показавши каква је била његова кончина. Тијело је пронашла у августу 2000. године Комисија за есхумацију тијела несталих и киднапованих Срба. Недалеко од оца Харитона пронађена су и тијела неколико Срба пострадалих у исто вријеме.

Мошти мученикове нађене су без главе. Утврђено је да је она одсјечена оштрим предметом. Кости руке биле су поломљене, као и кичма, којој је недостајало неколико пршљенова. Подрасник и џемпер били су у предјелу срца на неколико мјеста избодени ножем. Џемпер је са предње стране био распорен. Били су то најбољи докази неописивих мука које је овај преподобномученик поднио за Христа, попут првих хришћанских мученика из времена звјерских римских царева.

Мучениково тијело убрзо је из Призрена, као из корјена ишчупани црвени косовски божур, унијето у манастир Грачаницу, гдје је одслужен парастос (11. новембра 2000. године). Ту су му се вијерни са љубављу поклонили. Сутрадан је пренесено у његов први манастир – Црну Реку. Ишло се заобилазно, због демонстрација шиптара на путу. Сатворивши тако велики свети вход од Призрена, преко Грачанице до Црне Реке, мученик је својим светим тијелом предао свој посљедњи благослов намученој косовско-метохијској земљи, за коју ће пред престолом творца до скончанија вијека приносити молитве, заједно са свима светима небеске Србије.