Tog 15. juna 1999. godine, nešto prije 11 sati, otac Hariton je ispred episkopskog dvora u Prizrenu primio svoje posljednje poslušanje. Trebalo je otići u grad, po hranu. Rekavši: „Neka je blagosloveno“, krenuo je automobilom, bez straha. U samom gradu zaustavila su ga trojica terorista i legitimisala.

Odmah po legitimisanju, teroristi crnih uniformi i još crnjih duša odveli su ga njegovim autom u nepoznatom pravcu. Ovo se dešavalo naočigled njemačkih vojnika u sastavu NATO „mirovnjaka“. Cijeli događaj vidio je i jedan njemački novinar, fotografisao i istog dana obavijestio episkopiju. Počeo je golgotski put novog Hristovog mučenika.

Na njegova pleća stavljen je posljednji i najteži krst – mučeništvo za Hrista. Ponio ga je kao krotko jagnje, potpuno mirno, ne mareći za raznovrsnost i veličinu muka, kako je ranije sam govorio. Svezlobni neprijatelj ljudskoga roda, sve vrijeme vodivši nevidljivi duhovni rat protiv njega, sada je svom silom, u licu svojih slugu, napao na ovo jagnje Božije. Jedan od ranije pomenutih noževa zablistao je na junskom suncu, negdje u Prizrenu, i poslije mnogo zadatih rana odsjekao mučeniku glavu. Čista i neporočna duša novog Hristovog mučenika istog trenutka odletjela je u nebeske porodice Gospodu svome, koga je toliko voljela i zbog koga je toliko trpjela. Rat je bio dobijen, trka završena, vjera održana, a pobjednika je na nebesima čekao vijenac pravde (Up. 2. Tim. 4. 7, i radosni glas podvigopoložnika Gospoda Hrista: „Dobro slugo dobri i vijerni, u malome si mi bio vijeran, nad mnogim ću te postaviti; uđi u radost Gospodara svojega“ (Mt. 25, 21).

Tijelo njegovo zlikovci su tajno zakopali u mjestu Tusus kod Prizrena. Zajedno sa tijelom KFOR je zakopao, kao i ubica, sve informacije o njemu. Jedino što je u tim trenucima ostalo živo bile su crne slutnje da je ubijen. Otac Ilija, nekadašnji njegov duhovnik u svijetu, primajući vijest o njegovom nestanku, nebeski je mirno i ubijedljivo rekao: „Otac Hariton je mučenik za Hrista“. Vrijeme je prolazilo, a sa njim i tračak nade da je monah Hariton još uvijek u životu.

U periodu neizvesnosti, mučenik se nekima od bratije i u snu javljao, govoreći da je postradao. Gospod, koji proslavlja one koji Njega proslavljaju, ne želeći da njegov podvig i mučenički vijenac velom tajne ostanu pokriveni, blagoizvolio je da ljudima otkrije njegov udio ukazavši na mjesto gdje je njegovo sveto tijelo sahranjeno i pokazavši kakva je bila njegova končina. Tijelo je pronašla u avgustu 2000. godine Komisija za eshumaciju tijela nestalih i kidnapovanih Srba. Nedaleko od oca Haritona pronađena su i tijela nekoliko Srba postradalih u isto vrijeme.

Mošti mučenikove nađene su bez glave. Utvrđeno je da je ona odsječena oštrim predmetom. Kosti ruke bile su polomljene, kao i kičma, kojoj je nedostajalo nekoliko pršljenova. Podrasnik i džemper bili su u predjelu srca na nekoliko mjesta izbodeni nožem. Džemper je sa prednje strane bio rasporen. Bili su to najbolji dokazi neopisivih muka koje je ovaj prepodobnomučenik podnio za Hrista, poput prvih hrišćanskih mučenika iz vremena zvjerskih rimskih careva.

Mučenikovo tijelo ubrzo je iz Prizrena, kao iz korjena iščupani crveni kosovski božur, unijeto u manastir Gračanicu, gdje je odslužen parastos (11. novembra 2000. godine). Tu su mu se vijerni sa ljubavlju poklonili. Sutradan je preneseno u njegov prvi manastir – Crnu Reku. Išlo se zaobilazno, zbog demonstracija šiptara na putu. Satvorivši tako veliki sveti vhod od Prizrena, preko Gračanice do Crne Reke, mučenik je svojim svetim tijelom predao svoj posljednji blagoslov namučenoj kosovsko-metohijskoj zemlji, za koju će pred prestolom tvorca do skončanija vijeka prinositi molitve, zajedno sa svima svetima nebeske Srbije.