U unutrašnjosti Crkve Rođenja Presvete Bogorodice u Ljubinju pod staklom se čuvaju ostaci još tri ranohrišćanske crkve iz perioda od 4. do 15. vijeka, kao i još mnogo pokretnog arheološkog materijala, pa ovaj hram, osim što je nacionalni spomenik BiH, predstavlja i pravo arheološko blago.
Rade Likić, publicista iz Ljubinja, kaže da je prilikom arheoloških istraživanja 2014. godine otkriveno da je na ovom mjestu postojala crkva iz 4. do 6. vijeka, potom ona koja je pravljena u 12. ili 13. vijeku, te iz 14. do 15. vijeka.
- Ti ostaci su svi pod staklom, nađeno je dosta pokretnog arheološkog materijala, rimski stilus, odnosno pisaljka, dubrovački novčići iz 14. ili 15. vijeka, keramika od praistorije do modernih vremena, dosta rimskog antičkog crijepa, 40 i nešto grobova - naveo je Likić.
On ističe da je zbog svega ovoga Crkva Rođenja Presvete Bogorodice u Ljubinju jedno od najznačajnijih arheoloških nalazišta u BiH.
Arheolog Ivana Grujić rekla je da dosadašnja arheološka istraživanja pokazuju da je Ljubinje značajno središte u kojem se u kontinuitetu vrši sahranjivanje od rimskog perioda do današnjeg vremena i zidaju crkve, što ukazuje na postojanje i naselja iz različitih perioda.
- Ujedno, istraživanja u Ljubinju pokazuju i koliko rezultati arheoloških iskopavanja mogu da upotpune saznanja koja se formiraju na poznatim istorijskim izvorima, ali i na narodnom predanju. Na ovakvim lokalitetima mogu se pratiti uticaji crkvenih centara i širenje hrišćanstva, misionarska djelatnost na području provincije Dalmacije u rimskom periodu, kao i društveni i političko-vojni odnosi na prostoru Balkana - kaže Grujićeva.
Ona ističe da je poseban značaj ovih otkrića u tome što su saznanja o crkvenom graditeljstvu prenemanjićkog perioda oskudna i zahtijevaju sistematska multidisciplinarna istraživanja.